Krüger studierte Informatik an der Universität des Saarlandes. Er absolvierte dort das Graduiertenkolleg Kognitionswissenschaft und wurde 1999 promoviert. Anschließend arbeitete er im SFB 378 "Ressourcenadaptive kognitive Prozesse" und am Deutschen Forschungszentrum für Künstliche Intelligenz. 2004 folgte Krüger dem Ruf auf die Professur für Informatik und Geoinformatik an der Universität Münster; 2009 wechselte er zurück an die Universität des Saarlandes und an das Deutsche Forschungszentrum für Künstliche Intelligenz GmbH (DFKI), bei dem er den Forschungsbereich Kognitive Assistenzsysteme leitet. Im November 2019 wurde er zum CEO des DFKI ernannt.